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Analyse des protéines ou protéomique / Alexia Ortiz in Techniques de l'ingénieur TA, Vo. TA5 (Trimestriel) 

Public ISBD [article]  in Techniques de l'ingénieur TA > Vo. TA5 (Trimestriel) . - 15 p. Titre : Analyse des protéines ou protéomique Type de document : texte imprimé Auteurs : Alexia Ortiz, Auteur ; Tokarski, Caroline, Auteur ; Christian Rolando, Auteur Année de publication : 2007 Article en page(s) : 15 p. Note générale : Bibliogr. Langues : Français (fre) Mots-clés : Protéines  Protéomique Résumé : La protéomique est une science récente qui étudie les protéines. Le terme « protéome », proposé en 1995 [KAHN (P.) - *] [WILKINS (M.R.), SANCHEZ (J.C.), GOOLEY (A.A.), APPEL (R.D.), HUMPHERY-SMITH (I.), HOCHSTRASSER (D.F.), WILLIAMS (K.L.) - *] , désigne l'ensemble des protéines exprimées par le génome d'une cellule, d'un tissu ou encore d'un organe à un moment précis de son développement. Même si le séquençage du génome humain est aujourd'hui achevé, l'étude du génome comporte des limites. Sa connaissance ne permet pas d'appréhender la complexité du fonctionnement cellulaire. Un même génome conduit à l'expression de plusieurs protéomes en fonction des étapes du cycle cellulaire, de l'état physiopathologique de la cellule. Enfin, les protéines peuvent subir de nombreuses modifications indépendamment de la seule expression du gène codant. L'analyse protéomique permet donc une description dynamique de la régulation de l'expression génique, grâce à l'étude des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles. L'analyse protéomique trouve deux champs d'applications : d'une part, l'identification des protéines pour un organisme donné (localisation intracellulaire, interactions protéine-protéine) et, d'autre part, la connaissance des niveaux d'expression des protéines et des effets d'agents extérieurs (pathologies, traitements médicamenteux, facteurs environnementaux, etc.). L'analyse protéomique repose principalement sur une méthodologie couplant l'électrophorèse bidimensionnelle (2D-PAGE), technique possédant un pouvoir résolutif très élevé, et la spectrométrie de masse. Une analyse protéomique classique peut ainsi se résumer par : * extraction des protéines à partir d'un matériel biologique donné ; * séparation des protéines par électrophorèse ; * analyse de ces protéines par spectrométrie de masse. Outre ces trois étapes, nous compléterons cette présentation par une description du traitement des données (interrogation de banques de données pour l'identification des protéines et/ou de leurs modifications), une introduction aux approches protéomiques basées sur des techniques alternatives, et pour finier sur les différentes approches d'une étude protéomique ainsi que les différentes techniques de quantification des protéines. REFERENCE : P 3 312 DEWEY : 540 Date : Septembre 2011 En ligne : http://www.techniques-ingenieur.fr/base-documentaire/mesures-analyses-th1/techni [...] [article] Analyse des protéines ou protéomique [texte imprimé] / Alexia Ortiz, Auteur ; Tokarski, Caroline, Auteur ; Christian Rolando, Auteur . - 2007 . - 15 p. Bibliogr. Langues : Français (fre) in Techniques de l'ingénieur TA > Vo. TA5 (Trimestriel) . - 15 p. Mots-clés : Protéines  Protéomique Résumé : La protéomique est une science récente qui étudie les protéines. Le terme « protéome », proposé en 1995 [KAHN (P.) - *] [WILKINS (M.R.), SANCHEZ (J.C.), GOOLEY (A.A.), APPEL (R.D.), HUMPHERY-SMITH (I.), HOCHSTRASSER (D.F.), WILLIAMS (K.L.) - *] , désigne l'ensemble des protéines exprimées par le génome d'une cellule, d'un tissu ou encore d'un organe à un moment précis de son développement. Même si le séquençage du génome humain est aujourd'hui achevé, l'étude du génome comporte des limites. Sa connaissance ne permet pas d'appréhender la complexité du fonctionnement cellulaire. Un même génome conduit à l'expression de plusieurs protéomes en fonction des étapes du cycle cellulaire, de l'état physiopathologique de la cellule. Enfin, les protéines peuvent subir de nombreuses modifications indépendamment de la seule expression du gène codant. L'analyse protéomique permet donc une description dynamique de la régulation de l'expression génique, grâce à l'étude des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles. L'analyse protéomique trouve deux champs d'applications : d'une part, l'identification des protéines pour un organisme donné (localisation intracellulaire, interactions protéine-protéine) et, d'autre part, la connaissance des niveaux d'expression des protéines et des effets d'agents extérieurs (pathologies, traitements médicamenteux, facteurs environnementaux, etc.). L'analyse protéomique repose principalement sur une méthodologie couplant l'électrophorèse bidimensionnelle (2D-PAGE), technique possédant un pouvoir résolutif très élevé, et la spectrométrie de masse. Une analyse protéomique classique peut ainsi se résumer par : * extraction des protéines à partir d'un matériel biologique donné ; * séparation des protéines par électrophorèse ; * analyse de ces protéines par spectrométrie de masse. Outre ces trois étapes, nous compléterons cette présentation par une description du traitement des données (interrogation de banques de données pour l'identification des protéines et/ou de leurs modifications), une introduction aux approches protéomiques basées sur des techniques alternatives, et pour finier sur les différentes approches d'une étude protéomique ainsi que les différentes techniques de quantification des protéines. REFERENCE : P 3 312 DEWEY : 540 Date : Septembre 2011 En ligne : http://www.techniques-ingenieur.fr/base-documentaire/mesures-analyses-th1/techni [...]

Analyse des protéines ou protéomique / Alexia Ortiz

Public ISBD in Techniques de l'ingénieur : techniques d'analyse Ti630. Analyse des macromolécules biologiques / Gwenola Burgot  Titre : Analyse des protéines ou protéomique : réf. internet P 3312 Type de document : texte imprimé Auteurs : Alexia Ortiz, Auteur ; Tokarski, Caroline, Auteur ; Christian Rolando, Auteur Année de publication : 2011 Importance : p. 13-30 Note générale : Bibliogr. p. 29-30 Langues : Français (fre) Mots-clés : Protéomique  --  Protéine Biologie Note de contenu : Sommaire: 1. De l'échantillon biologique aux protéines. 2. Purification des protéines. 3. Analyse et identification des protéines. 4. Quantification. 5. Grands domaines d'application de la protéomique. in Techniques de l'ingénieur : techniques d'analyse Ti630. Analyse des macromolécules biologiques / Gwenola Burgot  Analyse des protéines ou protéomique : réf. internet P 3312 [texte imprimé] / Alexia Ortiz, Auteur ; Tokarski, Caroline, Auteur ; Christian Rolando, Auteur . - 2011 . - p. 13-30. Bibliogr. p. 29-30 Langues : Français (fre) Mots-clés : Protéomique  --  Protéine Biologie Note de contenu : Sommaire: 1. De l'échantillon biologique aux protéines. 2. Purification des protéines. 3. Analyse et identification des protéines. 4. Quantification. 5. Grands domaines d'application de la protéomique.

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Nouvelles sources microfabriquées de nano-ESI optimisées pour l’analyse protéomique / Le Gac, Sévrine in La Houille blanche, N° 5 (2006) 

Public ISBD [article]  in La Houille blanche > N° 5 (2006) . - 45-50 p. Titre : Nouvelles sources microfabriquées de nano-ESI optimisées pour l’analyse protéomique Titre original : Novel microfabricated nanoESI sources for proteomics applications Type de document : texte imprimé Auteurs : Le Gac, Sévrine, Auteur ; Arscott, Steve, Auteur ; Christian Rolando, Auteur Article en page(s) : 45-50 p. Note générale : Hydraulique Langues : Français (fre) Mots-clés : Sources  microfabriquées  Nano-électronébulisation  Plumes Index. décimale : 551.4 Résumé : This work aims at developing novel nanoESI emitter tips which are compatible with automated analysis and the use of a robotics interface and which allow for enhancing analysis conditions using electrospray ionization-mass spectrometry techniques (ESI-MS). Our novel sources borrow much from calligraphy quills in their geometry and functioning principle. The device is planar and relies on a capillary slot that guides fluids to their ionization point. Different series of nib prototypes allowed us to optimize their ionization performances, the first ones being fabricated in the negative photoresist SU-8 and the last ones in silicon-based materials. The successive series of nib emitter tips were tested on an ion trap mass spectrometer using various types of samples, standard peptides, small organic species or digested or entire proteins. Ce travail vise à développer de nouvelles sources de nano-électronébulisation compatibles avec une interface robotisée et permettant en outre une amélioration des conditions d’analyse par électronébulisation et spectrométrie de masse (ESI-SM). Les nouvelles sources que nous proposons s’inspirent de plumes de calligraphie de par leur géométrie et leur mode de fonctionnement. Le dispositif est planaire et comporte une fente capillaire pour l’écoulement des solutions jusqu’au point de nébulisation-ionisation. Différentes séries de prototypes nous ont permis d’affiner et d’optimiser ces plumes, les premiers prototypes étant réalisés dans une résine négative (SU-8), ceux plus aboutis étant à base de silicium. Les séries successives de plumes de nanoESI ont été testées sur une trappe ionique et sur divers types de composés, du peptide standard à un digestat de protéine en passant par des petites espèces organiques et des protéines non digérées. DEWEY : 553.7 ISSN : 0018-6368 RAMEAU : Electronébulisation En ligne : http://www.shf-lhb.org/index.php?option=article&access=standard&Itemid=129&url=/ [...] [article] Nouvelles sources microfabriquées de nano-ESI optimisées pour l’analyse protéomique = Novel microfabricated nanoESI sources for proteomics applications [texte imprimé] / Le Gac, Sévrine, Auteur ; Arscott, Steve, Auteur ; Christian Rolando, Auteur . - 45-50 p. Hydraulique Langues : Français (fre) in La Houille blanche > N° 5 (2006) . - 45-50 p. Mots-clés : Sources  microfabriquées  Nano-électronébulisation  Plumes Index. décimale : 551.4 Résumé : This work aims at developing novel nanoESI emitter tips which are compatible with automated analysis and the use of a robotics interface and which allow for enhancing analysis conditions using electrospray ionization-mass spectrometry techniques (ESI-MS). Our novel sources borrow much from calligraphy quills in their geometry and functioning principle. The device is planar and relies on a capillary slot that guides fluids to their ionization point. Different series of nib prototypes allowed us to optimize their ionization performances, the first ones being fabricated in the negative photoresist SU-8 and the last ones in silicon-based materials. The successive series of nib emitter tips were tested on an ion trap mass spectrometer using various types of samples, standard peptides, small organic species or digested or entire proteins. Ce travail vise à développer de nouvelles sources de nano-électronébulisation compatibles avec une interface robotisée et permettant en outre une amélioration des conditions d’analyse par électronébulisation et spectrométrie de masse (ESI-SM). Les nouvelles sources que nous proposons s’inspirent de plumes de calligraphie de par leur géométrie et leur mode de fonctionnement. Le dispositif est planaire et comporte une fente capillaire pour l’écoulement des solutions jusqu’au point de nébulisation-ionisation. Différentes séries de prototypes nous ont permis d’affiner et d’optimiser ces plumes, les premiers prototypes étant réalisés dans une résine négative (SU-8), ceux plus aboutis étant à base de silicium. Les séries successives de plumes de nanoESI ont été testées sur une trappe ionique et sur divers types de composés, du peptide standard à un digestat de protéine en passant par des petites espèces organiques et des protéines non digérées. DEWEY : 553.7 ISSN : 0018-6368 RAMEAU : Electronébulisation En ligne : http://www.shf-lhb.org/index.php?option=article&access=standard&Itemid=129&url=/ [...]

Réacteurs microfluidiques et sélectivité en chimie organique / Kajjout, Mohammed in La Houille blanche, N° 2 (2006) 

Public ISBD [article]  in La Houille blanche > N° 2 (2006) . - 83-88 p. Titre : Réacteurs microfluidiques et sélectivité en chimie organique Titre original : Microfluidics reactors and selectivity for organic chemistry applications Type de document : texte imprimé Auteurs : Kajjout, Mohammed, Auteur ; Christian Rolando, Auteur ; Le Gac, Séverine, Auteur Article en page(s) : 83-88 p. Note générale : Hydraulique Langues : Français (fre) Mots-clés : Microfluidiques  Chimie  organique  Réacteur  Mélange  Méthylation Index. décimale : 551.4 Résumé : This work aims at illustrating the contributions of microfluidics for organic chemistry applications. This study was carried out on a reaction well-known to our lab, quercetin methylation. At the lab scale, this reaction gives a complex mixture of products with different positions and levels for the methylation to occur. We have hence compared the results obtained using conventional glassware to those observed using a microreactor composed of a commercial mixing system (NanomixerTM, Upchurch Scientific) and a capillary (i.d. 75 µm). This showed that the reaction control is higher at the microfluidics scale; the reaction becomes selective. This may be partly accounted for by the enhanced mixing at this scale. Ce travail vise à illustrer les apports potentiels de la microfluidique pour des applications de chimie organique. L’étude a été menée sur une réaction bien connue au laboratoire, la réaction de méthylation d’un polyphénol, la quercétine. Cette réaction donne lieu en conditions classiques à un mélange complexe de plusieurs produits de méthylation, sur les différentes positions phénols de la molécule et avec divers degrés de méthylation. Nous avons ainsi comparé les résultats obtenus, soit en utilisant de la verrerie classique soit dans un micro-réacteur constitué d’un mélangeur commercial (Nanomixer™, Upchurch Scientific) placé en amont d’un capillaire (d.i. 75 µm). Il ressort de cette étude que la réaction est mieux contrôlée à l’échelle microfluidique ; elle devient même sélective. Ceci s’explique en partie par la qualité du mélange obtenu à cette échelle. DEWEY : 553.7 ISSN : 0018-6368 RAMEAU : Microfluidique En ligne : http://www.shf-lhb.org/index.php?option=article&access=standard&Itemid=129&url=/ [...] [article] Réacteurs microfluidiques et sélectivité en chimie organique = Microfluidics reactors and selectivity for organic chemistry applications [texte imprimé] / Kajjout, Mohammed, Auteur ; Christian Rolando, Auteur ; Le Gac, Séverine, Auteur . - 83-88 p. Hydraulique Langues : Français (fre) in La Houille blanche > N° 2 (2006) . - 83-88 p. Mots-clés : Microfluidiques  Chimie  organique  Réacteur  Mélange  Méthylation Index. décimale : 551.4 Résumé : This work aims at illustrating the contributions of microfluidics for organic chemistry applications. This study was carried out on a reaction well-known to our lab, quercetin methylation. At the lab scale, this reaction gives a complex mixture of products with different positions and levels for the methylation to occur. We have hence compared the results obtained using conventional glassware to those observed using a microreactor composed of a commercial mixing system (NanomixerTM, Upchurch Scientific) and a capillary (i.d. 75 µm). This showed that the reaction control is higher at the microfluidics scale; the reaction becomes selective. This may be partly accounted for by the enhanced mixing at this scale. Ce travail vise à illustrer les apports potentiels de la microfluidique pour des applications de chimie organique. L’étude a été menée sur une réaction bien connue au laboratoire, la réaction de méthylation d’un polyphénol, la quercétine. Cette réaction donne lieu en conditions classiques à un mélange complexe de plusieurs produits de méthylation, sur les différentes positions phénols de la molécule et avec divers degrés de méthylation. Nous avons ainsi comparé les résultats obtenus, soit en utilisant de la verrerie classique soit dans un micro-réacteur constitué d’un mélangeur commercial (Nanomixer™, Upchurch Scientific) placé en amont d’un capillaire (d.i. 75 µm). Il ressort de cette étude que la réaction est mieux contrôlée à l’échelle microfluidique ; elle devient même sélective. Ceci s’explique en partie par la qualité du mélange obtenu à cette échelle. DEWEY : 553.7 ISSN : 0018-6368 RAMEAU : Microfluidique En ligne : http://www.shf-lhb.org/index.php?option=article&access=standard&Itemid=129&url=/ [...]